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Mon doctorat : comment la structure des forêts influence les arthropodes aux Açores

J’étudie comment les changements de structure des forêts des Açores modifient la distribution des arthropodes, du sol à la canopée, en reliant biodiversité, microclimat et complexité de l’habitat.


En combinant suivi de long terme, relevés de terrain, télédétection et modélisation prédictive, mon doctorat vise à mieux comprendre et anticiper les effets des transformations forestières sur la biodiversité insulaire.

Les forêts sont des écosystèmes complexes, essentiels au maintien de la biodiversité et au fonctionnement du climat.

Pourtant, lorsqu’elles sont transformées par les invasions biologiques, les changements d’usage des terres ou les modifications du paysage, leur structure change aussi, et avec elle les conditions de vie des espèces qui les habitent.


Dans le cadre de mon doctorat, j’étudie comment ces transformations influencent la distribution des arthropodes dans les forêts de l’île de Terceira, aux Açores.

Mon travail cherche à relier la structure des forêts, le microclimat, la stratification verticale et l’organisation des communautés pour mieux comprendre le devenir de la biodiversité dans les paysages insulaires.

Qui suis-je ?

Doctorant en écologie à l’Université des Açores

Je suis doctorant à l’Université des Açores, au sein de la Faculté de Sciences et Technologie.

Mon travail est supervisé par le Pr Paulo A.V. Borges (Université des Açores, CE3C - IBBC) et le Dr João Pinelo (AirCentre).


Mes recherches s’inscrivent à l’interface entre écologie forestière, biogéographie insulaire, entomologie, microclimat, télédétection et modélisation prédictive. À travers cette approche interdisciplinaire, je cherche à mieux comprendre comment les changements de structure des habitats forestiers affectent la biodiversité, en particulier celle des arthropodes, dans les écosystèmes insulaires des Açores.


Mon sujet de thèse

Pourquoi les forêts sont essentielles

Les forêts ne sont pas seulement des ensembles d’arbres : ce sont des systèmes vivants qui abritent une part majeure de la biodiversité terrestre, stockent du carbone, régulent le cycle de l’eau et contribuent à atténuer les effets du changement climatique. Leur importance écologique est considérable, mais toutes les forêts ne fonctionnent pas de la même manière.


Ce qui les distingue, au-delà de leur composition floristique, c’est aussi leur structure : la hauteur de la végétation, la densité du couvert, la présence de plusieurs strates et la diversité des micro-habitats. Cette organisation influence directement les conditions environnementales au sein de la forêt, et donc les espèces qui peuvent s’y maintenir.




La structure de l'habitat comme fil conducteur

Au cœur de ma thèse se trouve une idée simple : la structure d’une forêt conditionne la biodiversité qu’elle accueille. Une forêt complexe offre souvent davantage de refuges, de ressources et de conditions microclimatiques variées. À l’inverse, une forêt simplifiée ou transformée peut devenir plus homogène et moins favorable à certaines espèces.


Cette question est particulièrement importante à petite échelle. Pour de nombreux organismes, et notamment pour les arthropodes, les différences de température, d’humidité, de lumière ou de végétation entre le sol, le sous-bois et la canopée peuvent profondément influencer la manière dont ils se répartissent dans l’espace.




Pourquoi les arthropodes ?

Les arthropodes sont d’excellents modèles pour étudier les effets des changements environnementaux. Ils sont très diversifiés, présents dans presque tous les compartiments de la forêt et réagissent rapidement aux modifications de leur habitat.


Ils jouent également des rôles écologiques fondamentaux : décomposition de la matière organique, pollinisation, prédation, recyclage des nutriments ou encore structuration des réseaux trophiques. Étudier leur distribution permet donc de mieux comprendre à la fois l’état de la biodiversité forestière et le fonctionnement des écosystèmes.




Les Açores comme laboratoire naturel

Les îles constituent des laboratoires naturels particulièrement précieux pour l’écologie. Leur isolement, leur fort taux d’endémisme et leur vulnérabilité aux perturbations en font des systèmes idéaux pour étudier les réponses de la biodiversité aux changements de l’habitat.


Aux Açores, et plus précisément sur l’île de Terceira, les forêts indigènes subsistent aujourd’hui sous forme de fragments, insérés dans des paysages largement transformés. On y trouve un contraste fort entre les forêts natives d’altitude et les forêts secondaires exotiques, souvent dominées par Pittosporum undulatum

Ce contraste offre une occasion unique d’étudier comment l’histoire d’usage des terres, les invasions biologiques et les changements de structure forestière influencent les communautés d’arthropodes.




L’objectif général de ma thèse

L’objectif de mon doctorat est de comprendre comment les changements de structure des forêts influencent la distribution, la stratification verticale et l’organisation écologique des communautés d’arthropodes dans les forêts açoriennes.


Pour cela, j’adopte une approche intégrée qui relie plusieurs dimensions complémentaires : la structure physique des forêts, le microclimat, la répartition des espèces, la composition des communautés et les associations écologiques entre organismes et habitats. Cette démarche permet d’aller au-delà d’une simple comparaison entre milieux et d’explorer les mécanismes qui relient transformation des habitats et réponses de la biodiversité.




Du sol à la canopée : une forêt en trois dimensions

Un aspect central de mon travail est la prise en compte de la dimension verticale des forêts.

Une forêt n’est pas un espace uniforme : les conditions changent fortement entre le sol, le sous-bois, les arbustes et les parties plus hautes de la végétation. Cette organisation verticale joue un rôle majeur dans la distribution des arthropodes.


Ma thèse cherche donc à comprendre comment les espèces se répartissent entre ces différentes strates, et comment cette stratification varie entre forêts natives et forêts exotiques. Cela permet d’évaluer dans quelle mesure les habitats transformés conservent — ou non — une partie de la complexité écologique des forêts indigènes.




Des outils innovants pour étudier les forêts

Pour analyser ces questions, j’utilise plusieurs outils complémentaires qui permettent d’observer les forêts à différentes échelles. Le LiDAR, l’imagerie par drone, la télédétection, les relevés de végétation, les mesures de microclimat et les approches de modélisation prédictive me permettent de relier la structure des habitats aux dynamiques de biodiversité.


Cette combinaison méthodologique est l’un des points forts de ma thèse. Elle permet de décrire la forêt comme un système complexe, à la fois spatial, vertical et dynamique, et d’explorer plus finement les liens entre habitat et biodiversité.




Prévoir les changements de biodiversité

Une partie de mes recherches s’appuie sur des données de suivi à long terme des arthropodes dans la forêt native de Terceira. Ces séries temporelles permettent de documenter les changements de communautés au fil des années et de mieux comprendre les trajectoires de la biodiversité insulaire.


J’explore également le potentiel de l’intelligence artificielle et d’autres méthodes de prévision pour anticiper les évolutions futures des communautés d’arthropodes. Cette dimension prédictive est importante dans un contexte de changements globaux, car elle aide à mieux comprendre comment les écosystèmes pourraient réagir aux transformations en cours.




Mes publications de thèse

Des publications intégrées à un projet cohérent

Ma thèse est construite autour d’un ensemble de travaux complémentaires qui explorent différents aspects d’une même question : comment la transformation de la structure forestière influence la biodiversité des arthropodes dans les forêts des Açores. Ces travaux vont du suivi temporel à l’analyse de la structure des habitats, en passant par la distribution verticale des espèces et la modélisation prédictive.


Chaque publication apporte une pièce du puzzle. Ensemble, elles permettent de construire une vision intégrée des liens entre structure forestière, microclimat et organisation des communautés d’arthropodes.




Suivre les changements dans le temps

Un premier volet de mon travail s’intéresse à l’évolution des communautés d’arthropodes dans la forêt native de Terceira à partir de données collectées sur le long terme. 

Cette approche permet de mieux comprendre les dynamiques de changement, les signaux de déclin et les différences entre espèces indigènes et non indigènes.


Publication associée :

Assessing the Impact of Insect Decline in Islands: Exploring the Diversity and Community Patterns of Indigenous and Non-Indigenous Arthropods in the Azores Native Forest over 10 Years.

Prévoir les dynamiques écologiques avec l’intelligence artificielle

Un autre axe de ma thèse explore l’usage de l’intelligence artificielle pour prévoir la composition future des communautés d’arthropodes. 

L’objectif est de tester dans quelle mesure ces outils peuvent aider à mieux anticiper les réponses de la biodiversité à partir de séries temporelles écologiques.


Publication associée :

Artificial intelligence for biodiversity: Exploring the potential of recurrent neural networks in forecasting arthropod dynamics based on time series

Décrire la structure des forêts à plusieurs échelles

Ma thèse comprend aussi un volet consacré à la caractérisation de la structure des forêts natives et exotiques sur l’île de Terceira. 

En combinant LiDAR, drones, télédétection et relevés de terrain, ce travail permet de mieux décrire la complexité des habitats forestiers, du paysage au microhabitat.


Publication associée :

Landscape to microhabitat: Uncovering the multiscale complexity of native and exotic forests on Terceira Island (Azores, Portugal)

Étudier la répartition verticale des arthropodes

Un autre ensemble de travaux porte sur la distribution des arthropodes entre les différentes strates de la forêt. 

Cette approche permet d’analyser comment les communautés se structurent verticalement, et si cette organisation varie selon le type de forêt.


Publication associée :

Vertical distribution of arthropod assemblages in native and exotic forests of Terceira Island (Azores, Portugal)

Comprendre la similarité entre communautés du sol à la canopée

La stratification verticale peut aussi être étudiée à travers les variations de composition entre strates. 

Ce travail montre comment la similarité entre assemblages d’arthropodes décroît avec la distance verticale, dans les forêts natives comme dans les forêts exotiques.


Publication associée :

Up from the bottom: Consistent vertical distance-decay in arthropod assemblage similarity across native and exotic forests in Terceira Island (Azores)


Explorer le rôle refuge des forêts exotiques

Un autre volet de ma thèse s’intéresse à la présence inattendue d’espèces indigènes rares et menacées dans des forêts secondaires exotiques de l’île de Terceira. 

Dans certains contextes, ces forêts transformées peuvent aussi jouer un rôle de refuge et invite ainsi à nuancer l’opposition classique entre habitats natifs et exotiques dans les réflexions en conservation.


Publication associée :

Beyond native habitats: Indigenous arthropods adapted to mid-elevations find refuge in exotic forests

Analyser les réseaux d’association entre arthropodes et strates forestières

Enfin, un dernier axe de recherche porte sur les réseaux d’association entre les arthropodes et les différentes strates des forêts natives et exotiques.


Cette approche permet d’explorer comment la diversité taxonomique et fonctionnelle se répartit verticalement, et de mieux comprendre les liens entre organisation des communautés et structure de l’habitat.


Publication associée :

Association networks of arthropods and forest strata in native and exotic forests



Comprendre la stratification verticale du microclimat

Ma thèse examine aussi la manière dont la structure forestière influence les variations verticales du microclimat dans les forêts.


En combinant capteurs microclimatiques et données de télédétection, cette étude permet d’établir un lien direct entre la complexité structurelle des forêts et les conditions abiotiques auxquelles les arthropodes sont exposés selon les strates.


Publication associée :

Forest Structural Complexity Regulates Vertical Microclimatic Stratification


Pourquoi ce travail est important ?

Relier écologie fondamentale et outils d’avenir

Cette thèse se situe au croisement de l’écologie fondamentale et de méthodes innovantes. En combinant suivi de terrain, caractérisation fine des habitats, mesures microclimatiques et outils de prévision, elle propose une lecture plus intégrée du fonctionnement des forêts insulaires.


Au-delà des résultats scientifiques, ce travail montre aussi comment les nouvelles technologies peuvent aider à mieux observer, comprendre et anticiper les changements de biodiversité. C’est cette articulation entre terrain, analyse écologique et innovation méthodologique qui structure l’ensemble de mon projet doctoral.

Mieux comprendre pour mieux conserver

Les forêts natives des Açores abritent une biodiversité unique, avec de nombreuses espèces endémiques. Pourtant, ces écosystèmes sont soumis à de fortes pressions liées aux invasions biologiques, à la transformation des paysages et aux changements environnementaux.


Mon travail vise à mieux identifier les conditions forestières qui favorisent le maintien des espèces indigènes et la persistance de communautés diversifiées. Il permet aussi de mieux comprendre le rôle que peuvent jouer, dans certains cas, les forêts exotiques dans des paysages déjà transformés. Ces connaissances sont importantes pour orienter des stratégies de gestion et de conservation adaptées au contexte insulaire.


Ce projet de doctorat est financé par le Fundo Regional da Ciência e Tecnologia dans le cadre de la bourse M3.1.a/F/012/2022.